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On s’intéresse à la nature et à la répartition des bactéries que l’on trouve dans le microbiote intestinal et plus généralement, tout le long du tube digestif.
A la naissance, le nouveau né sort d’un environnement totalement stérile. Son tube digestif est stérile, c’est-à-dire qu’il ne contient aucune bactéries : le microbiote n’existe pas. Petit à petit, des bactéries viennent coloniser le tube digestif au fur et à mesure de l’alimentation du nourrisson, du bébé et du jeune enfant. On considère que cette colonisation dure plusieurs années, entre deux et six ans. A la fin de cette colonisation, l’enfant obtient un microbiote à peu près équivalent à celui d’un adulte. A ce moment-là, on trouve par exemple dans son estomac, mais aussi dans l’intestin, une bactérie qu’on appelle streptocoque, non pathogène ici. Dans l’intestin, on trouve aussi du lactobacille, du clostridium ou une bactérie qu’on appelle esch
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