On s’intéresse à la nature et à la répartition des bactéries que l’on trouve dans le microbiote intestinal et plus généralement, tout le long du tube digestif.

I. Développement et diversité du microbiote intestinal

À la naissance, le nouveau né sort d’un environnement totalement stérile. Son tube digestif est stérile, c’est-à-dire qu’il ne contient aucune bactéries : le microbiote n’existe pas. Petit à petit, des bactéries viennent coloniser le tube digestif au fur et à mesure de l’alimentation du nourrisson, du bébé et du jeune enfant. On considère que cette colonisation dure plusieurs années, entre deux et six ans. À la fin de cette colonisation, l’enfant obtient un microbiote à peu près équivalent à celui d’un adulte. À ce moment-là, on trouve par exemple dans son estomac, mais aussi dans l’intestin, une bactérie qu’on appelle streptocoque, non pathogène ici. Dans l’intestin, on trouve aussi du lactobacille, du clostridium ou une bact&