III. Les groupes emboités
On construit un schéma de groupes emboîtés (ou boîtes consécutives). Pour cela, on regroupe ensemble des espèces en fonction du nombre de caractères à l’état dérivé qu’elles partagent, autrement dit, plus les espèces partagent de caractères dérivés, plus elles sont proches parentes.
Dans ce schéma, on traduit donc les informations de la matrice de caractères en se basant sur quatre caractères à l’état dérivé : la présence d’un squelette, la présence de quatre membres et de doigts, la présence de poils et la présence de plume.

- Dans la première boîte squelette, on trouve les cinq espèces : le hareng, la tortue, la vache, la chauve-souris et le pigeon. Toutes ces espèces font partie de cette boîte squelette, qui est la boîte des vertébrés.
- Dans la boîte quatre membres et doigts, on trouve les espèces tortue, vache, chauve-souris et pigeon. La boîte quatre membres et doigts correspond à celle des tétrapodes, les animaux qui possèdent quatre membres et des doigts. C’est le cas des quatre animaux ici mais pas du hareng.
- A l’intérieur du groupe des tétrapodes, on trouve deux sous-groupes :
- le sous-groupe des animaux qui possèdent des poils, qui correspond aux mammifères, dont font partie la vache et la chauve-souris,
- le sous-groupe des animaux qui possèdent des plumes, c’est-à-dire les oiseaux, dont ici le seul représentant est le pigeon.
On remarque que dans le groupe des tétrapodes, avec les critères choisis, la tortue ne fait partie d’aucun sous-groupe, la tortue n’est ni un mammifère, ni un oiseau. C’est un tétrapode, mais c’est tout.
Les groupes emboîtés sont une façon de représenter les parentés, et on peut déduire cette représentation schématique de l’étude d’une matrice de caractères.